近年來，灌云縣不斷加大醫療衛生投入，全縣衛生資源總量基本滿足群眾就醫需求和公共衛生服務需求。該縣現有各級各類醫療衛生機構401家，其中縣級公立醫療衛生機構6家、民營醫院5家、農鹽場醫院2家、鄉鎮（中心）衛生院19家、村（居委會）衛生室321家、門診部和個體診所48家。現有衛生技術人員共2544人，鄉村醫生1378人，開設病床2439張，平均每千人擁有床位2.9張。